適用于有熒光特性的或通過熒光染色的樣本，在鏡檢下只有熒光物質(zhì)才能很好的顯現(xiàn)，熒光檢測包括一般熒光染色和免疫染色方法 ，熒光標本在激光光譜照射后會反射不同于照射光譜的熒光光譜，利用光譜的差異可以顯示細胞內(nèi)的成分，特別是對細胞內(nèi)的兩種核酸DNA和RNA及酸性粘多糖有較強的特異性。免疫技術(shù)是應(yīng)用熒光物質(zhì)的特異性和敏感性來作臨床診斷的和在醫(yī)學領(lǐng)域內(nèi)作各種基礎(chǔ)理論的研究。另外一些新的領(lǐng)域比如瀝青改性劑的熱溶、以及改性瀝青在高速剪切后形態(tài)和分布的觀測都使用熒光顯微技術(shù)來完成。