作用
（1）發(fā)酵工程是用來解決按發(fā)酵工藝進(jìn)行工業(yè)化生產(chǎn)的工程學(xué)問題的學(xué)科。發(fā)酵工程從工程學(xué)的角度把實(shí)現(xiàn)發(fā)酵工藝的發(fā)酵工業(yè)過程分為菌種、發(fā)酵和提煉（包括廢水處理）等三個(gè)階段，這三個(gè)階段都有各自的工程學(xué)問題，一般回收二手生物質(zhì)發(fā)酵罐分別把它們稱為發(fā)酵工程的上游、中游和下游工程。發(fā)酵工程的三個(gè)階段均分別有它們各自的工藝原理和設(shè)備及過程控制原理，它們一起構(gòu)成發(fā)酵工程原理。
（2）千百年，特別是近幾十年的發(fā)酵工業(yè)生產(chǎn)的實(shí)回收二手生物質(zhì)發(fā)酵罐踐證明:微生物是發(fā)酵工程的靈魂。近年來，對(duì)于發(fā)酵工程的生物學(xué)屬性的認(rèn)識(shí)愈益明朗化，發(fā)酵工程正在走近科學(xué)。
（3）從生物科學(xué)的角度重新審視發(fā)酵工程，發(fā)現(xiàn)發(fā)酵工程基本的原理是其生物學(xué)原理，而前述的發(fā)酵工程原理均必須建立在發(fā)酵工程的生物學(xué)原理的基礎(chǔ)上。因此，發(fā)酵工程的生物學(xué)原理是發(fā)酵工程基本的原理，并且可以把它簡(jiǎn)稱為“發(fā)酵原理”。
其他
（4）發(fā)酵原理的核心內(nèi)容是微生物復(fù)雜系統(tǒng)運(yùn)行的自然規(guī)律（即微生物生命活動(dòng)的三個(gè)基本假說）。代謝能支撐假說（生命活動(dòng)的前提，動(dòng)力）暗示：微生物活細(xì)胞是耗散結(jié)構(gòu)，這種結(jié)構(gòu)依靠代謝能來支撐。這個(gè)假說體現(xiàn)了生命活動(dòng)的空間性（方位排列的有序）、時(shí)間性（周期變化的有序）。代謝網(wǎng)絡(luò)假說（生命活動(dòng)的內(nèi)容，結(jié)構(gòu)）顯示：代謝網(wǎng)絡(luò)是細(xì)胞代謝活動(dòng)的運(yùn)行圖。這個(gè)假說體現(xiàn)了生命活動(dòng)的整體性、流動(dòng)性、層次性。細(xì)胞經(jīng)濟(jì)假說（生命活動(dòng)的法則，控制）揭示細(xì)胞經(jīng)濟(jì)的運(yùn)行原理，它們體現(xiàn)了細(xì)胞代謝活動(dòng)的自主性。